Einen FTP Server (daemon) benötigt man, wenn man selbst Dateien zum Download via FTP anbieten möchte. FileZilla Server ermöglicht den Betrieb eines FTP-Servers und ist ein separates Programm für Windows, das vom gleichen Projekt wie der FileZilla Client entwickelt wird.
Neben einem einfachen Benutzer- und Gruppen-Management bietet die Software SSL-/TLS-Verschlüsselung, Up-/Downloadraten-Beschränkungen global und pro Benutzer sowie die Möglichkeit, Verbindungen auf bestimmte IP-Adressen sowohl auf Client- wie auf Serverseite einzuschränken. Ein sogenanntes Remote-Admin-Interface ermöglicht auch die Wartung von anderen Computern aus. Windows 7 (2008 R2) oder neuer wird benötigt, um FileZilla Server zu verwenden. Die aktuelle Version ist derzeit 0.9.60.2 vom 8. Februar 2017.
Aktuell (Stand April 2019) wird Filezilla als sogenanntes "Sponsored Setup" vertrieben. Hierbei wird in der Standardeinstellung u.a. der Browser Opera installiert. Diese Option muss aktiv abgewählt werden um eine Installation zu unterbinden.
Der FileZilla-Client speicherte die Anmeldedaten (Benutzername und Passwort) bis Version 3.26 unverschlüsselt auf der Festplatte, sodass diese leicht durch Dritte oder durch Schadsoftware ausgespäht werden konnten. Dafür wurde FileZilla von Nutzern häufig kritisiert. Mit der Version 3.26 haben die Entwickler auf diese Kritik reagiert und das Programm mit einer Master-Passwort-Funktion nachgerüstet. Diese ist unter Einstellungen zu finden, muss vom Nutzer allerdings in Eigenregie aktiviert werden.